Katedra Genetyki i Mikrobiologii

Kierownik Katedry

Prof. dr hab. Adam Choma

ul. Akademicka 19, 20-033 Lublin
pokój 202A, tel. 81 537 59 72
mail: adam.choma@poczta.umcs.lublin.pl

Druga osoba do kontaktu w sprawach Katedry:

Dr hab. Andrzej Mazur, prof. UMCS
pokój 204A, tel. 81 537 59 68
mail: mazur@hektor.umcs.lublin.pl

Pracownicy

prof. dr hab. Adam Choma
prof. dr hab. Teresa Urbanik-Sypniewska
prof. dr hab. Monika Janczarek
dr hab. Andrzej Mazur, prof. UMCS
dr hab. Marta Palusińska-Szysz, prof. UMCS
dr hab. Anna Turska-Szewczuk, prof. UMCS
dr hab. Iwona Komaniecka, prof. UMCS
dr hab. Jerzy Wielbo, prof. UMCS
dr hab. Sylwia Wdowiak-Wróbel, prof. UMCS
dr hab. Jolanta Kutkowska, prof. UMCS
dr hab. Magdalena Karaś
dr hab. Anna Sroka-Bartnicka
dr Michał Kalita
dr Dominika Kidaj
dr Małgorzata Marczak
dr Monika Marek-Kozaczuk
dr Piotr Koper
dr Katarzyna Zamłyńska
dr Kamil Żebracki
mgr Magdalena Wójcik
mgr Anna Pastuszka

Pracownicy emerytowani

prof. dr hab. Wanda Małek
prof. dr hab. Anna Skorupska
prof. dr hab. Ryszard Russa

Doktoranci

mgr Katarzyna Dworaczek
mgr Paulina Lipa
mgr Bożenia Kowalczyk
mgr Marta Kozieł
mgr Maria Kurzylewska
mgr Wojciech Sokołowski
mgr Katarzyna Suśniak
mgr Karolina Włodarczyk

Historia Katedry

W 1950 roku Pracownia Mikrobiologiczna funkcjonująca w Katedrze Fizjologii Roślin przekształciła się w Katedrę Mikrobiologii Ogólnej. Organizatorem Katedry i jej pierwszym kierownikiem był prof. Władysław Kunicki-Goldfinger. W 1970 roku Katedrę przemianowano na Zakład Mikrobiologii Ogólnej. Katedra w ciągu 50 lat swego istnienia dała początek kilku innym jednostkom organizacyjnym UMCS: Katedrze Mikrobiologii Szczegółowej, Pracowni Wirusologicznej, Pracowni Chemii Bakteryjnej. W 2007 roku Zakład Mikrobiologii Ogólnej  zmienił nazwę na Zakład Genetyki i Mikrobiologii zaś w październiku 2019 w wyniku reorganizacji Wydziału Biologii i Biotechnologii Zakład Genetyki i Mikrobiologii przemianowano na Katedrę Genetyki i Mikrobiologii .

Kierownicy Jednostki:

-        prof. dr hab. Władysław Kunicki-Goldfinger (1950-1955);
-        prof. dr Jadwiga Marszewska-Ziemięcka (1956-1961);
-        prof. dr Zbigniew Lorkiewicz (1961-1993);
-        prof. dr hab. Ryszard Russa (1993-2005);
-        prof. dr hab. Anna Skorupska (2005-2014);
-        prof. dr hab. Adam Choma (od 2014 roku).

Aktualna tematyka badawcza

• Genomika strukturalna i funkcjonalna R. leguminosarum: identyfikacja i analiza funkcji genów odpowiedzialnych za replikację i segregację plazmidów, biosyntezę i transport polisacharydów powierzchniowych oraz interakcje symbiotyczne z roślinami motylkowatymi;
• Bioróżnorodność i filogeneza bakterii brodawkowych: taksonomia molekularna bakterii brodawkowych;
• Analiza strukturalna amfipatycznych składników ścian komórkowych oraz pozakomórkowych polimerów bakterii glebowych (ze szczególnym uwzględnieniem rizobiów).
• Budowa lipidów i lipopolisacharydów Legionella spp. i Aeromonas spp. oraz ich znaczenie w patogenezie.
• Bionawozy - ekologiczne preparaty stymulujące wzrost i plonowanie roślin uprawnych

Projekty badawcze

1. Polsko-południowoafrykańskie projekty badawcze (NCBiR) (2019–2022) „Skład i funkcja mikrobiomu brodawek korzeniowych Trifolium rubens i T. africanum". Kierownik projektu: dr Michał Kalita
2. OPUS16 (NCN) (2019–2022) „Badanie zróżnicowania genetycznego i funkcjonalnego mikrosymbiontów koniczyny łąkowej (Trifolium pratense) z dwóch stref klimatycznych: subpolarnej i umiarkowanej w celu identyfikacji szczepów o potencjalnym zastosowaniu w rolnictwie”. Kierownik projektu: prof. dr hab. Monika Janczarek
3. OPUS16 (NCN) (2019–2022) „Znaczenie składu błony zewnętrznej Agrobacterium tumefaciens w procesie infekcji roślin uprawnych”. Kierownik projektu: dr hab. Iwona Komaniecka, prof. UMCS:
4. OPUS14 (NCN) (2018–2021) „Bakteryjne determinanty zwiększonej wirulencji szczepów Legionella pneumophila serotyp 1”. Kierownik projektu: dr hab. Marta Palusińska-Szysz, prof. UMCS
5. OPUS14 (NCN) (2018–2021) „Kompleks enzymatyczny glikozylotransferaz Rhizobium leguminosarum jako model bakteryjnego szlaku biosyntezy egzopolisacharydu”. Kierownik projektu: Dr hab. Małgorzata Marczak
6. Miniatura 2 (NCN) (2018-2019) „Wpływ aplikacji bradyrizobiowych czynników Nod na poziom syntezy alkaloidów chinolizydynowych w różnych odmianach łubinu, wysokość dofinansowania”. Kierownik projektu: Dr Dominika Kidaj
7. Miniatura 3 (NCN) (2019–2020) „Geny pssV i regA jako hipotetyczne elementy szlaku transmisji sygnałów w Rhizobium leguminosarum bv. Trifolii”. Kierownik projektu: dr Kamil Żebracki
8. Miniatura 3 (NCN) (2019-2020) „Genomika strukturalna (sekwencjonowanie genomowe i adnotacja sekwencji) bakterii Legionella lytica - niezbadanego czynnika etiologicznego legionellozy”. Kierownik projektu: dr Piotr Koper
9. Lider VIII edycja (NCBiR) (2018-2020) „Opracowanie ekologicznego preparatu do stymulacji wzrostu i plonowania roślin uprawnych i leczniczych”. Kierownik projektu: dr hab. Anna Sroka-Bartnicka

Patenty

1. Patent Nr PL 230565 (Urząd Patentowy Rzeczpospolitej Polskiej) (2018) „Preparat do nawożenia roślin bobowatych”. Twórcy: Dominika Kidaj, Jerzy Wielbo, Janusz Podleśny, Anna Podleśna
2. Patent Nr P.225896 (Urząd Patentowy Rzeczpospolitej Polskiej); 2017 „Zestaw starterów do identyfikacji bakterii Legionella pneumophila oraz sposób zastosowania tych starterów w łańcuchowej reakcji polimerazy”. Twórcy: Monika Janczarek, Marta Palusińska-Szysz
3. Patent Nr P.419590 (Urząd Patentowy Rzeczpospolitej Polskiej); 2017 „Zestaw starterów do identyfikacji bakterii Legionella micdadei oraz Legionella bozemanae”. Twórcy: Monika Janczarek, Marta Palusińska-Szysz
4. Patent Nr P.419591 (Urząd Patentowy Rzeczpospolitej Polskiej); 2017 „Zestaw starterów do identyfikacji bakteria Legionella longbeachae oraz Legionella dumofii,”. Twórcy: Monika Janczarek, Marta Palusińska-Szysz
5. Patent Nr P.419592 (Urząd Patentowy Rzeczpospolitej Polskiej); 2017 „Zestaw starterów do identyfikacji bakteria Legionella drancourtii oraz Legionella gormanii”. Twórcy: Monika Janczarek, Marta Palusińska-Szysz
6. Patent Nr P.411057 (Urząd Patentowy Rzeczpospolitej Polskiej); 2017 „Heteropolisacharyd jako metabolit Rhizobium leguminosarum bv. trifolii Rt24.2 do zastosowania w pielęgnacji włosów oraz preparat na bazie tego heteropolisacharydu”. Twórcy: Monika Janczarek, Kamila Rachwał

Współpraca naukowa

Katedra Genetyki i Mikrobiologii współpracuje z innymi jednostkami naukowymi w Polsce: Instytut Agrofizyki PAN, Uniwersytet Przyrodniczy (Katedra Zastosowań Matematyki i Informatyki), Uniwersytet Medyczny (Wydział Farmaceutyczny, Katedra Chemii, Zakład biofarmacji), IUNG-PIB w Puławach (Zakład Uprawy Roślin Pastewnych) oraz Państwowy Instytut Weterynaryjny – PIB w Puławach, Politechnika Wrocławska (Zakład Chemii Medycznej i Mikrobiologii, Wydziału Chemicznego), Narodowy Instytut Zdrowia Publicznego, PZH w Warszawie,  Wojewódzka Stacja Sanitarno-Epidemiologiczna w Rzeszowie (Oddział Laboratoryjny w Tarnobrzegu), Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Bydgoszczy (Wydział Farmacji, Katedra Chemii Organicznej) Politechnika Gdańska (Międzyuczelniane Laboratorium Magnetycznego Rezonansu Jądrowego), Uniwersytet Gdański (Katedra Chemii Biomedycznej), Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Wydział Rolnictwa i Biologii, Katedra Botaniki).

Katedra Genetyki i Mikrobiologii prowadzi również współpracę z zagranicznymi ośrodkami naukowymi: Centre for Microbial Ecology and Genomics, Forestry and Agricultural Biotechnology  Institute, Natural Science II, University of Pretoria (Republic of South Africa), Departamento de Microbiología, Facultad de Biología, Universidad de Sevilla, Sevilla (Spain),  Department of Arctic and Marine Biology, The Arctic University of Norway, Tromsø (Norway), Structural Biochemistry and Allergobiochemistry, Research Center Borstel, Leibniz-Center for Medicine and Biosciences (Germany), Department of Environmental Science and Analytical Chemistry, Stockholm University (Sweden), Institute of Medical Microbiology and Hygiene, National Reference Laboratory for Legionella, Dresden (Germany), Medical Microbiology and Hygiene, Department of Infectious Diseases, Heidelberg University Hospital, Heidelberg (Germany), Leibniz-Institute for Farm Animal Biology (FBN), Dummerstorf (Germany).

Współpraca z otoczeniem gospodarczym

Projekt „Testy do oznaczania lekooporności MIC” Projekt współfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Lubelskiego na lata 2014-2020, działanie 1.2. Badania celowe. Współpraca z firmą BioMaxima S.A.

Nagrody i wyróżnienia

• dr Michał Kalita, dr hab. Sylwia Wdowiak-Wróbel, dr Monika Marek-Kozaczuk - Nagroda zespołowa Rektora UMCS za „Pozyskanie środków finansowych na realizację projektu pn. „Skład i funkcja mikrobiomu brodawek korzeniowych Trifolium rubens i Trifolium africanum” (II konkurs NCBiR na wspólne polsko-południowoafrykańskie projekty badawcze, projekt nr PL-RPA/02/TRIFOMIKRO/2019)
• dr hab. Jerzy Wielbo, dr Monika Marek-Kozaczuk, dr Dominika Kidaj - Nagroda zespołowa Rektora UMCSza współpracę z otoczeniem gospodarczym (2019)
• dr hab. Małgorzata Marczak - Nagroda indywidualna Rektora UMCS za wysoko punktowany artykuł naukowy: Marczak M*, Żebracki K, Koper P, Turska-Szewczuk A, Mazur A, Wydrych J, Wójcik M, Skorupska A. 2019. Mgl2 is a hypothetical methyltransferase involved in exopolysaccharide production, biofilm formation and motility in Rhizobium leguminosarum bv. trifolii. MPMI. doi: 10.1094/MPMI-01-19-0026-R (2019)
• prof. dr hab. Monika Janczarek - Nagroda indywidualna Rektora UMCS  za pozyskanie środków finansowych na realizację projektu pt: „Badanie zróżnicowania genetycznego i funkcjonalnego mikrosymbiontów koniczyny łąkowej (Trifolium pratense) z dwóch stref klimatycznych: subpolarnej i umiarkowanej w celu identyfikacji szczepów o potencjalnym zastosowaniu w rolnictwie” (OPUS 16, NCN) (2018)
• dr hab. Iwona Komaniecka, prof. UMCS - Ngroda indywidualna III stopnia  za pozyskanie środków finansowych na realizację projektu pt.: Znaczenie składu błony zewnętrznej Agrobacterium tumefaciens w procesie infekcji roślin uprawnych” (OPUS 16, NCN) (2018)

Najważniejsze publikacje

• K. Dworaczek, D. Drzewiecka, A. Pękala-Safińska, A. Turska-Szewczuk (2019) Structural and Serological Studies of the O6-Related Antigen of Aeromonas veronii bv. sobria Strain K557 Isolated from Cyprinus carpio on a Polish Fish Farm, which Contains l-perosamine (4-amino-4,6-dideoxy-l-mannose), a Unique Sugar Characteristic for Aeromonas Serogroup O6. Mar. Drugs 2019, 17, 399.
• M.A. Karaś, A. Turska-Szewczuk, M. Janczarek, A. Szuster-Ciesielska (2019) Glycoconjugates of Gram-negative bacteria and parasitic protozoa - are they similar in orchestrating the innate immune response? A. Innate Immun. 25, 1:73-96.
• P. Lipa, J.-M. Vinardell, M. Janczarek (2019) Transcriptomic Studies Reveal that the Rhizobium leguminosarum Serine/Threonine Protein Phosphatase PssZ has a Role in the Synthesis of Cell-Surface Components, Nutrient Utilization, and Other Cellular Processes, Int. J. Mol. Sci., 20(12), 2905.
• M. Marczak, K. Żebracki, P. Koper, A. Turska-Szewczuk, A. Mazur, J. Wydrych, M. Wójcik and A. Skorupska (2019) Mgl2 is a hypothetical methyltransferase involved in exopolysaccharide production, biofilm formation and motility of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii. Mol Plant Microbe Interact. 32:899-911.
• A. Pawlik, A. Mazur, J. Wielbo, P. Koper, K. Żebracki, A. Kubik-Komar, G. Janusz (2019) RNA sequencing reveals differential gene expression of Cerrena unicolor in response to variable lighting conditions (2019) Int. J. Mol. Sci. 20 pii: E290.
• M. Wójcik, M. Kalita ,W. Małek (2019) Numerical analysis of phenotypic properties, genomic fingerprinting,and multilocus sequence analysis of Bradyrhizobium strains isolated from root nodules of Lembotropis nigricans of the tribe Genisteae Annals of Microbiology 69:1123–1134.
• A. Choma, K. Nowak, I. Komaniecka, A. Waśko, M. Pleszczyńska, M. Siwulski, A. Wiater (2018) Chemical characterization of alkali-soluble polysaccharides isolated from a Boletus edulis (Bull.) fruiting body and their potential for heavy metal biosorption Food Chemistry, 266: 329-334.
• M. Janczarek, J.-M., Vinardell, P. Lipa, M. Karaś (2018) Hanks-type serine/threonine protein kinases and phosphatases in bacteria: roles in signaling and adaptation to various environments. Int. J. Mol. Sci. 19(10), 2872.
• A. Choma, I. Komaniecka, K. Żebracki (2017)  Structure, biosynthesis and function of unusual lipids A from nodule-inducing and N₂-fixing bacteria. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular and Cell Biology of Lipids 1862, 196-209.
• J. Kutkowska, M. Marek‑Kozaczuk, J. Wielbo, M. Wójcik, T. Urbanik‑Sypniewska (2017) Electrophoretic profiles of lipopolysaccharides from Rhizobium strains nodulating Pisum sativum do not reflect phylogenetic relationships between these strains. Arch. Microbiol. 199:1011–1021.
• M. Marczak, A. Mazur, P. Koper, K. Żebracki, A. Skorupska (2017) Synthesis of rhizobial exopolysaccharides and their importance for symbiosis with legume plants. Genes (Basel), 8, E360, doi: 10.3390/genes8120360.
• M. Marek-Kozaczuk, S. Wdowiak-Wróbel, M. Kalita, M. Chernetskyy, K. Deryło, M. Tchórzewski, A. Skorupska (2017) Host-dependent symbiotic efficiency of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii strains isolated from nodules of Trifolium rubens Antonie van Leeuwenhoek. 110: 1729–1744.
• A. Sroka-Bartnicka, I. Karlsson, L. Ndreu, A. Quaranta, M. Pijnappel, G. Thorsen (2017) Particle-based N-linked glycan analysis of selected proteins from biological samples using nonglycosylated binders.^.132,125-132.
• K. Zamlynska, I. Komaniecka, K. Zebracki, A. Mazur, A. Sroka-Bartnicka, A. Choma (2017) Studies on lipid A isolated from Phyllobacterium trifolii PETP02T lipopolysaccharide Antonie Leeuwenhoek; 110 (11):1413-1433.
• M. Palusińska-Szysz, A. Zdybicka-Barabas, E. Reszczyńska, R. Luchowski, M. Kania, N. Gisch, F. Waldow, P. Mak, W. Danikiewicz, W.I. Gruszecki, M. Cytryńska (2016) The lipid composition of Legionella dumoffii membrane modulates the interaction with Galleria mellonella apolipophorin III. Biochim Biophys Acta. 1861(7):617-29.